En 1949 el entonces Obispo de Jaén, D. Rafael García y García de Castro, declaró parroquia al Real Santuario de la Virgen de la Cabeza, para que se ocupara de atender espiritualmente a los vecinos de su entorno serrano, diseminados en las distintas fincas de los alrededores, en el poblado próximo a él y en el existente junto al pantano de La Lancha, construido en los años veinte del siglo XX.

Pero hasta llegar a ser sede parroquial, el Santuario ha pasado por distintas vicisitudes, desde su origen. Según todos los indicios, las obras de construcción comenzaron en 1287 y terminaron en 1304 siendo primero una pequeña ermita que el pueblo de Andújar edificara en pleno corazón de Sierra Morena. Sin embargo las ampliaciones y reformas han sido casi constantes a través de los tiempos alcanzando su máximo esplendor en el siglo XVI, años 1530 y 1590, cuando se convirtió en Santuario, muy parecido al que hoy conocemos.

Ya en el siglo XX, durante la guerra civil, el Santuario de la Virgen de la Cabeza fue escenario de un hecho de armas que ha quedado vinculado a su historia. En 1936, un grupo de guardias civiles y paisanos al mando del capitán D. Santiago Cortés González se refugiaron en el Santuario, resistiendo durante casi ocho meses el ataque de las tropas republicanas. El resultado fue de más de cien muertos, la destrucción del Templo y la perdida de la imagen de la Santísima Virgen de la Cabeza. 

Posteriormente la Dirección General de Regiones Devastadas procede a reconstruir el Santuario. Para ello se constituye en abril de 1940 una Comisión Ejecutiva presidida por el Director General, D. José Moreno Torres, siendo elegido en 1941 como arquitecto D. Francisco Prieto Moreno, conservador de la Alhambra de Granada. Las obras se terminaron en 1943, sufragándose los gastos mediante una suscripción popular a nivel nacional.

La nave central se separa de la Capilla Mayor por una reja del siglo XVI, restaurada por la Escuela de Artes y Oficios de Granada, que cierra un vano con arco de medio punto. El Altar Mayor presenta en el centro un gran espacio, tras el cual se encuentra el camarín de la Virgen; talla de José Navas Parejo, que sustituyó a la antigua desaparecida durante la guerra civil.

Las capillas laterales de la nave están ocupadas por diferentes altares, conteniendo diversas imágenes, tales como un Crucificado del escultor Mariano Benlliure, la Virgen del Pilar, el Beato Marcos Criado, San Juan Bautista de la Concepción, la Santísima Trinidad y la Virgen del Carmen. En el coro existe un magnífico órgano, obsequio de la Guardia Civil, inaugurado por el famoso organista maestro Guridi. Tras la Capilla Mayor se encuentra la sacristía.

La Comunidad Trinitaria ha abordado dos nuevas ampliaciones. La primera consistió en la elevación de la planta de saliente, construyéndose otro pabellón en la zona posterior del ala Norte. Se completó así, de un modo armónico y funcional, toda la estructura del patio claustro. La segunda fase se realizó en 1965 en toda el ala norte, añadiéndose un edificio de tres plantas para ampliar las dependencias de los sacerdotes Trinitarios que atienden al culto, permanentemente desde 1930.

Ellos crearon, recientemente, un museo mariano que conserva gran cantidad de enseres y obras de arte que muestran la importancia que a través de los siglos ha tenido y tiene Ntra. Señora de la Cabeza.

Visitas de Personalidades

Con motivo de la recoronación de la Virgen de la Cabeza, en 1960 fue visitado por Dña. Carmen Polo, esposa del entonces jefe del Estado, D. Francisco Franco; el cual en el mes de febrero estuvo en él para ganar el Año jubilar. Asimismo en 1964, los entonces Príncipes de España, hoy Reyes, D. Juan Carlos I y Dña. Sofía, recorrieron las distintas dependencias del Santuario.

El Presidente del Gobierno D. José María Aznar desde que tomara el mando de la nación se ha acercado varias veces hasta el Santuario, conocedor de la universalidad del culto a la Virgen de la Cabeza. El  23 de diciembre de 1998 lo hizo cumpliendo con la invitación enviada por el Padre Domingo, en nombre de la Comisión, con motivo de la Apertura del 50 Aniversario de la Parroquia.

El sábado 16 de enero D. José María Aznar, en unión de su distinguida esposa, Dña. Ana Botella, acudió desde la finca del Estado del Lugar Nuevo, a cumplir con el precepto dominical. Luego, en compañía del Rector Padre Domingo subió el matrimonio a orar ante la Imagen de la Virgen de la Cabeza.

Los Obispos de la Diócesis también han hecho distintas pastorales al templo serrano.

D. Félix Romero Mengíbar, D. Miguel Peinado Peinado en 1978 presidió la Eucaristía de la romería, acompañado por el entonces Obispo auxiliar de Madrid, José Manuel Estepa Llaurens, actual Arzobispo General Castrense, natural de Andújar.

En octubre de 1990, el Obispo D. Santiago García Aracil visita la parroquia para despedirse de la Virgen antes de emprender el viaje a América para visitar sus Misiones Diocesanas en aquellas tierras. Igualmente el 31 de octubre de 1999 presidió la solemne misa de clausura de los actos del cincuenta aniversario, acompañado del Arzobispo Castrense, del Arcipreste de Andújar, Juan Rubio Fernández y varios sacerdotes.

Por vez primera un Nuncio de S. S. el Papa, Juan Pablo II, hizo acto de presencia en la casa de Ntra. Sra. de la Cabeza. La ocasión fue la romería de 1995, cuya fiesta principal del domingo fue presidida por Monseñor Mario Tagliaferri, concelebrando con el Obispo de Jaén y el Párroco, asistidos también por varios religiosos.

Pasados cuatro años, el 15 de mayo, festividad de San Eufrasio, el nuevo Nuncio Monseñor Lajos Kada, oró ante la Santísima Virgen, al que se unieron el Obispo de la Diócesis, el Arzobispo de Granada, Antonio Cañizares y el Consejo Presbiterial de Jaén.